Im Anschluss an den Pflegeplan für die Kleinode im Raum March-Thaya-Auen konnten 19 Kleinode naturschutzfachlich erhalten und verbessert werden.

Der Biodiversitätsfonds stellt 18 Millionen Euro für Umsetzungsprojekte zum Schutz der Biodiversität bereit.

Das Naturschutzgebiet Gerichtsberg liegt im östlichen Marchfeld und ist Teil der Stadtgemeinde Marchegg, Es war Teil des LIFE-Natur-Projekts „Pannonische Sanddünen“.

Die Europaschutzgebiete "Pannonische Sanddünen" und  „Sandboden und Praterterrassen“ befinden sich im östlichen Marchfeld und wurden 2009 als Vogelschutzgebiet und 2011 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet unter Schutz gestellt.

Das Gebiet steht seit 1999 unter Naturschutz und ist Teil des Europaschutzgebietes Tullnerfelder Donau-Auen.
 

Die Europaschutzgebiete sind Teile der Hauptregion Waldviertel und liegen im südöstlichen Ausläufer der Böhmischen Masse. Sie wurden im Jahr 2009 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet und als Vogelschutzgebiet unter Schutz gestellt.

Die Europaschutzgebiete Wienerwald - Thermenregion liegen in der Region Niederösterreich Mitte, nahe der Großstadt Wien. Sie wurden 2008 als Vogelschutzgebiet und 2011 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet beschlossen. Im Europaschutzgebiet liegen auch der Biosphärenpark Wienerwald und das Landschaftsschutzgebiet Wienerwald.

Die Europaschutzgebiete liegen in der Region Östliches Waldviertel und Weinviertel. Sie wurden 2008 als Vogelschutzgebiet und 2011 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet beschlossen.

Das Europaschutzgebiet Weinviertler Klippenzone besteht aus mehreren über das Weinviertel verteilten Teilgebieten. Es wurde 2011 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet beschlossen.

Die Europaschutzgebiete Wachau und Wachau-Jauerling wurden 2009 nach der Vogelschutz-Richtlinie und 2011 nach der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie gegründet.

Das Europaschutzgebiet liegt in der Region NÖ Mitte und erstreckt sich entlang der Donau von Krems bis Wien. Es wurde 2004 als Vogelschutzgebiet und 2011 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet beschlossen.

Das Europaschutzgebiet Truppenübungsplatz Allentsteig wurde 2009 nach der Vogelschutz-Richtlinie gegründet.

Das Europaschutzgebiet Thayatal bei Hardegg wurde 2011 nach der Fauna-Flora-Habitat Richtlinie gegründet.

Das Europaschutzgebiet ist sowohl Teil des Mostviertels, als auch des südlichen Waldviertels, also der Ausläufer der böhmischen Masse. Es wurde im Jahr 2011 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet gegründet. Im Gebiet liegt das Naturschutzgebiet Insel Wörth.

Die Europaschutzgebiete sind Teil der Hauptregion Industrieviertel und wurden 2008 als Vogelschutzgebiet und 2011 als Fauna-Flora-Habitat Gebiet beschlossen. Im Europaschutzgebiet Steinfeld liegt auch das Naturschutzgebiet Schönauer Teich.

Das Europaschutzgebiet Pielachtal liegt südwestlich der niederösterreichischen Hauptstadt St. Pölten und wurde 2008 nach der Vogelschutz-Richtlinie beschlossen.

2007 wurde das im Mostviertel liegende Gebiet Ötscher-Dürrenstein zum Europaschutzgebiet gemäß der Vogelschutzrichtlinie und der Fauna-Flora-Habitat Richtlinie erklärt. Im Gebiet liegen auch der Naturpark Ötscher-Tormäuer, das Landschaftsschutzgebiet Ötscher-Dürrenstein und das Wildnisgebiet Dürrenstein.

Die Nordöstlichen Randalpen liegen am Ostrand der Alpen am Übergang zum Wiener Becken. Das Gebiet wurde 1997 zum Europaschutzgebiet gemäß der Vogelschutz-Richtlinie und 1998 zum Europaschutzgebiet gemäß der Fauna-Flora-Habitat (FFH) - Richtlinie erklärt.

Das Europaschutzgebiet NÖ Alpenvorlandflüsse ist Teil der Hauptregion Mostviertel und wurde 2011 nach der Fauna-Flora-Habitat Richtlinie beschlossen.